(一)公司設立登記復原的適用條件
由于復原公司登記畢竟具有溯及既往並否定公司有效成立的法律效力，其產生的法律後果又是多方面的，有時可能產生債務清償主體和責任轉移的連鎖反應。為避免不應有的交易損害和社會震蕩，公司登記機關在適用復原公司登記程式和作出復原公司設立登記決定時，應在維護合法、有效、持續營業的前提下，嚴格掌握如下適用條件：
(1)隻適用于公司設立登記中存在重大實質性瑕疵這一情形;一般實質性瑕疵和程式性瑕疵等登記情形，可以通過設立登記的更正、補充和變更程式予以糾正，而不應不適當地擴大復原公司設立登記的適用範圍。
(2)須是法律規定在公司設立登記之前由公司原始出資人或發起人、申請人所為的虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形，導致公司設立登記具有重大錯誤和缺陷，使登記註冊的公司存在嚴重瑕疵;如屬公司登記機關自身的疏忽或未盡謹慎註意義務而造成的登記錯誤，則應採取必要的行政糾錯程式予以補正，不可適用復原公司設立登記。
(3)虛報註冊資本、提交虛假材料或採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形須達到情節嚴重的程度。也就是說，足以導致公司設立之實質性條件的根本喪失，才可適用復原公司設立登記;如情節並非嚴重，不足以影響公司設立實質條件的成立，則不應適用復原公司設立登記，而應根據其具體情形，通過公司設立登記的更正、補充或變更登記程式，對業經登記的不實事項進行改正。
(4)虛報註冊資本、提交虛假材料或採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形須達到情節嚴重的程度，採取責令改正、行政罰款等行政措施不足以從根本上改變公司設立登記瑕疵的現狀，且也不能選擇更正、補充或變更登記予以救濟，才可適用復原公司設立登記。也就是說，適用復原公司設立登記是在不得已的情況所作的最後選擇方案，如有其他替代的行政救濟方案可以選擇，應盡量避免。
(二)《公司法》第 199 條所列情形之情節嚴重的認定
根據現行《公司法》第199 條規定的基本精神，虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形達到情節嚴重的程度，是適用復原公司登記(包括公司設立登記復原)的法定條件。[3]自然，對《公司法》第199 條所列情形之情節嚴重作何認定和判斷，就成為正確和適當適用復原公司登記程式的關鍵環節。筆者認為，僅就公司設立登記復原而言，《公司法》第 199 條所列情形之情節嚴重，應理解其程度足以影響或導致該公司有效成立之基礎性條件的根本喪失，其具體情形可作如下解釋：
第一，就虛報註冊資本之情形而言，如公司設立登記時全部註冊資本均系虛報;或者虛報註冊資本的金額和比例已經足以使該公司喪失其成立的法定資本最低條件(如一般類的有限責任公司實繳資本低于 3 萬元、一人有限公司實繳資本低于 10 萬元、股份有限公司實繳資本低于 500 萬元)或特殊條件(如商業銀行、保險公司、證券公司、信托投資公司等特殊行業類公司實繳資本低于《商業銀行法》、《保險法》、《證券法》、《證券投資基金法》等特別法的規定等);或者虛報註冊資本系由偽造證件所為;等等，則可認定為“虛報註冊資本”之情節嚴重的情形。
第二，就提交虛假材料之情形而言，如全部申請材料均系虛假或偽造;或者涉及證明公司資本、發起人或原始出資人(股東)、公司機關人員的組成、公司經營場地與條件等實質條件類申請材料系虛假或偽造;或者需要獲得例外行政許可的特殊類公司之行政許可檔案或批件系偽造或變造;等等，則可認定為“提交虛假材料”之情節達到嚴重的程度。
第三，採取其他欺詐手段隱瞞重要事實之情節嚴重程度，可以解釋為以合法的形式，隱瞞足以導致公司設立違反法律、行政法規和社會公序良俗等情形，如以合法手段隱瞞公司的非法經營目的;以公司章程掩蓋或隱瞞法律禁止非營利性組織或國家機關公職人員出資等重要事實或信息的;對公司營業後存在重大環境和生態隱患或足以引發環境災難等事實進行隱瞞的;對公司營業存在破壞社會公序良俗的;以欺騙手段獲得營業行政許可批文的;等等，可認定為採取其他欺詐手段隱瞞重要事實且情節嚴重。
(三)公司設立登記復原的啓動方式
公司設立登記復原屬行政復原行為，原公司登記機關在適用該復原程式時，是應主動依職權作出，還是被動應其他利害關系人申請、舉報而作出?由于對公司登記復原行為的性質認識不一，對其啓動方式存在不同看法。持行政處罰論者認為，公司登記復原行為應屬于行政處罰的範疇，應由原公司登記機關主動依職權而作出。[4]也有學者從行政撤回的視角認為應依職權作出。