1、稅收會計在會計體系中的地位
稅收會計是國家各級稅務機關核算和監督稅收資金運動的一門專業會計。按照我國現行對會計體系的分類方法，把會計分為企業會計和預算會計兩類。一般認為，稅收會計是預算會計體系的組成部分，這是主流派的觀點;還有一種非主流的觀點，認為稅收會計並非預算會計的組成部分，稅收會計與預算會計是並列的關系。對于這一問題，國家有關的會計製度和準則中沒有明確說明，甚至在1997年預算會計製度改革中出台的一系列預算會計準則和製度中也隻字未提稅收會計，給人的感覺似乎稅收會計不屬于預算會計。因此，從上個世紀後期開始，稅收會計總是獨立于預算會計之外，而進行著一次次小動作的改革，直到今天也沒有擺脫計畫經濟的影響而與稅收計畫、稅收統計捆綁在一起，使稅收會計在會計體系中的地位始終不明確。那麽，稅收會計在整個會計體系中究竟處于什麽地位呢?對于前述提到的將稅收會計與預算會計並列的提法，筆者認為是行不通的。我國的會計體系，通常是按照是否以取得利潤為根本目的，將會計分為企業會計和預算會計兩大類，而稅收會計肯定不是以取得利潤為目的的，它不屬于企業會計，這是毫無疑問的。按照這種分類方法，不是企業會計就一定是預算會計。如果將其獨立出來作為與企業會計、預算會計並列的第三大類會計，無論從哪方面講，都很難找到充足的依據。持有這種觀點的人其惟一的理由就是認為稅收會計有獨立的研究對象，是獨立的專業會計，因此是獨立于預算會計體系之外的一門專業會計。對此，筆者認為這不能成立。理由是：
1.1我們承認稅收會計有其獨立的研究對象，具有一定的獨立性，但並不能因為其有相對的獨立性就能將其在會計體系中單列一個體系，它完全可以是會計體系某一大類中的一個相對獨立的專業會計。因此，具有獨立的研究對象並不能成為將稅收會計獨立于預算會計體系之外的理由。況且這種所謂的獨立性，實際上也是相對的。
1.2我們將會計分為企業會計和預算會計兩大體系，在每一個體系(類)中，又包含若幹門專業會計，如企業會計體系中包括:財務會計、成本會計、管理會計等;預算會計體系中包括:各級財政總預算會計、行政單位預算會計、事業單位預算會計、國庫會計、稅收會計等。如果將稅收會計獨立出來與企業會計體系和預算會計體系並列成為第三個會計體系，在這個體系中除了稅收會計本身外還有什麽呢?這無法形成一個體系。當然最關鍵的問題還在于從會計屬性上看，它是屬于非盈利性的會計，從大的類別看，它應屬于非盈利會計系列中的一員。
2、稅收會計與稅務部門(行政單位)預算會計的關系
2.1會計主體不同。稅收會計的會計主體是直接負責稅款征收和入庫業務的稅務機關。不直接負責稅款征收和入庫的稅務機關，如國家稅務總局、省稅務局、地(市)稅務局等雖然也是稅務機關，但不是稅收會計主體。而稅務部門預算會計主體則是指稅務系統的各級行政機關單位，凡是由預算撥款，並獨立核算的，包括國家、省、地(市)等各級稅務機關在內的稅務行政部門。
2.2會計核算對象不同。稅收會計的核算對象是一級稅務機關管轄範圍內的稅收資金及其運動，即從稅金的應征到入庫、提退的全過程。而稅務部門發生的稅收資金以外的資金運動則不是稅收會計的核算對象，而是行政單位預算會計的核算對象。因此，在稅務部門發生的各項資金的收支活動中，必須嚴格區分哪些是稅收資金，哪些是非稅收資金，在此基礎上分別用不同的會計來核算。由于兩者會計對象(內容)的不同，導致其會計要素也各不相同。稅收會計的會計要素隻分為稅收資金來源和稅收資金佔用兩大類;而行政單位會計的會計要素分為資產、負債、凈資產、收入、支出五類。
2.3會計確認基礎不同。稅收會計適應其核算需要，分別在稅收資金運動的不同階段採用權責發生製和收付實現製——分段聯合製為會計確認基礎。而行政單位會計，目前主要採用收付實現製作為會計確認基礎。
2.4會計核算所依據的製度基礎不同。在具體處理業務時，稅收會計要以《稅收會計製度》作為其規範性的要求進行會計確認、計量、記錄和報告;而行政單位預算會計要以《行政單位會計製度》以及相關的其他製度為依據。
3、稅收會計主體及其核算單位問題
3.1上解單位。是指直接負責稅款的征收、上解業務而不負責與金庫核對入庫和從金庫辦理稅款退庫業務的基層稅務機關。其稅收會計要核算稅收資金從實現到上解的過程。