科研經費的管理，必須加強高校科研經費管理，健全管理製度，建立管理監督機製，確保科研工作的健康、可持續發展。
近幾年，隨著我國經濟的蓬勃發展，高校科研與政府、企業的合作聯系也逐漸緊密，所承擔的科研項目越來越多，科研經費也隨之大幅度的成長，近來，科研經費數量的多少已成為衡量高校實力的一個重要條件。然而，如何加強科研經費的管理是目前許多高校面臨的嚴峻問題，科研經費管理有效性差普遍存在，從政府到高校，都在積極探索合理管理的製度，使科研經費既能合理的使用又能激發科研工作者的積極性，創造更多的社會價值。
一、目前科研經費管理存在的問題
(一)科研經費預算編製不規範
目前，國家在科研項目支出科目、預算定額等方面還沒有製定出科學系統的預算定額標準，科研人員並非財務人員，預算觀念淡薄，隻把科研預算作為爭取科研經費的環節之一，前期可行性調查不到位，不進行足夠的調研和科學的測算，編製出的經費預算不準確，預算內容不全面，憑以往的經驗和估計填列出預算資料，缺乏前瞻性、合理性和規範性要求。
(二)缺乏全面準確的成本核算
教學資金與科研資金來源于不同的資金渠道，在使用時，要按規定計入各自的成本，但是在實際中，通常很難嚴格的將兩者成本準確核算。高校的科研人員大多是教學、科研雙肩挑，科研工作與教學工作有著密切聯系，用于實驗教學的材料經常被用于科研項目的實驗，例如，教學用固定資產用于科研的使用費，從事科研使用的水電費等支出不計入科研成本，而是全部在教育事業費中列支;科研人員的超比例提取津貼、酬金;在報銷費用時，發票中所列的明細項目與實際支出情況不符;在人工費的開支上，虛構人員或假借學生身份套取助研補貼，使項目成本核算難以實現實事求是的原則。高校科研項目的成本隻是部分地從科研經費中得到補償，科研成本嚴重的擠佔、挪用了學校的教育事業經費。
(三)內部管理和監督機製不完善。
在高校中普遍存在科研經費管理監督機製不健全，科研經費的專項審計工作流于形式，支出不合理，甚至發生違規調賬。有的科研人員，為了逃避上繳管理費，將爭取到的橫向科研經費掛靠外單位，躲避學校對資金的監管;有的為了套出現金，用大量與實際不符的票據報銷，如招待費、交通費等;許多項目結題不結賬，在項目完成後相當長時間內一些項目負責人還繼續使用科研項目結餘經費列支費用，疏于對結餘資金的管理。
因此高校科研經費管理普遍存在有效性差的問題，探索科研經費管理的途徑與辦法已成為提高科研水準，保證科研成果質量的關鍵所在。隻有加強科研經費管理，才能合理分配使用、充分發揮現有科研經費的效益。
二、影響高校科研經費管理的因素
高校科研經費管理有效性的影響因素是多種多樣的，想要有效管理科研經費，需要從以下幾方面進行改進。
(一)編製科學、合理的預算管理製度
高校科研經費的預算管理工作，應由科研管理部門、財務管理部門、課題負責人三方共同協作編製更為科學合理。科研管理部門應該製定統一的科研經費預算管理製度，製定合理的、可操作的預算程式，以及科研計畫預算編製辦法和說明，對科研經費預算的編製原則、編製要求、編製規程提出具體的要求，提高預算的可執行度。對科研人員來說，科研經費預算的編製，應堅持實事求是的原則。具體經費預算依據科研項目申報書中規定的研究任務進行。編製預算要對整個課題研究過程中可能發生的所有費用，包括直接費用和間接費用進行預算，按照全額成本支出原則，並且將上報的經費預算在學校財務、科研管理部門備案。對財務部門及財會人員而言，應盡早介入科研項目，及時提供財會服務及進行財會監督，使科研人員及時獲得財務信息的支持，編製更科學合理的預算。
(二)建立和完善全額成本核算製度，規範科研經費的使用
根據教財[xx]11號檔案指出的，“項目管理費、人員經費、業務費等支出是科研經費支出的合理組成部分，各高校應通過逐步建立和完善全額成本核算製度，確定項目管理費、人員經費、業務費等支出的合理水準”。為了控製具體科研項目的支出金額，在使用科研經費的過程中，財務部門在建賬時，應依據項目預算書中的各類明細支出項目增設相應的明細科目，設定每項明細科目的預算限額。在經費支出的的實際操作、核算過程中，嚴格執行預算限額製度，對符合規定的且在預算限額內的票據予以正常報銷，超出預算限額的支出，就不予以報賬。這樣項目負責人就能在前期更加詳細地對經費項目支出進行合理估計，有效地避免經費的預算內容與實際開支相脫離，增強了預算編製的準確性、科學性。