畢業論文要有正確的立意，還要有嚴密的邏輯性。就是說論文不僅要做到“言之有理”、“言之有物”，還要做到“言之有序”。任何事物的發展，都有它的規律性。論文的結構也有規律性，這就是論證所遵循的“序”。遵循了“序”，論文在布局謀篇上就會更完整，結構就會更嚴謹。論文的結構安排，要在中心論點的統率和支配下，把各個論證部分嚴謹周密地組織起來，厘清主次輕重，做到層次分明，詳略疏密有致。畢業論文在結構上存在的毛病，常見的主要有下列幾種：
一、結構不完整、不平衡
一般畢業論文大致上可以分成三個部分：開始列有小序對全文的概括，使讀者有個全面的了解，或者鮮明地提出問題，領挈全文;然後，便分層展開論述，在總論點領轄下各分論點依次鋪開，深入分析問題，這是論文的主體;最後是結論部分，依據論述的需要確定結尾的長短和詳略，這就使論文渾然一體，布局完整。有的文章缺少某一重要部分，如無頭(緒)或無尾(結論)，不能形成一個完整的整體。如有的論文，開頭沒有說明課題的來源或研究目的、意義，也不交代調查的手段和方法，一上來就列舉大量事實和資料，讓人覺得“沒頭沒腦”。有的文章結尾處沒有明確的結論，沒有個人的觀點和見解，缺乏必要的分析和評論。有的論文該詳細的不詳細，該簡略的卻過于冗長;對中心論點的論證不充分，而對其它分論點卻津津樂道。這樣，論文的結論就不平衡了。
二、結論松散，缺乏條理
一般來說，文章採用的基本推理形式，決定著文章的內在結構形式。例如，一篇文章主要是探討某一事物產生的原因，反映在結構上，必然有因果關系的兩個部分，或者是結果推及原因，或者由原因推斷結果，缺一不可。文章要有層次，有條理。如果在寫作中，材料的安排不當，就會使層次不分明、條理不清楚。事物之間有各種不同的關系，反映這種關系的材料之間也有各種不同的關系，例如，平行關系、遞進關系、接續關系、對立關系等。總之，理清了事物之間的相互關系，並在結構中體現出來，文章的眉目就清楚了。而有的文章內容上拼拼湊湊，論文層次既不遵循各部分內在邏輯順序，也不符合作者和讀者的認識規律。作者心中缺乏整體布局，寫作時信馬由緝，任筆端自由馳騁，因而出現前後不銜接，甚至前後重復、前後矛盾，或顛三倒四，東拉西扯，上下兩段明顯地割裂開來，缺少自然的過渡，使人感到突冗、生硬，意思不連貫。有的論文分段太長，甚至一連好幾頁也不分段，顯得層次不明，看起來費力。
三、論證不得力，缺少邏輯性
論證不力的情況有兩類：一類隻有理論分析，從理論到理論，缺少必要的和充分的事例和數位的依據;另一種是材料很多，但在選材和組織材料上欠佳，缺少周密嚴謹的邏輯性。後一類毛病在許多論文中常出現，其表現為：
忽視“新穎性”的選材要求，，材料陳舊，用一些人們熟知的老例子，缺乏新鮮感、吸引力;
不能有選擇地利用典型、精當的材料形成自己的觀點，例子濫而散，沒有從中整理出自己立論的角度和起筆的由頭;
論據缺乏典型性、必要性，僅憑在特定環境中極少發生的某些事實，得出與該環境中大量發生事實所不同的結論，因而論證缺乏說服力;
提出論點、羅列論據之後，不作深入分析甚至不作任何分析，沒有論證過程，便用“由此可見”、“大量事實證明”等語句，轉而扣合所提出的論點;
以偏概全，以點代面，以小論據支撐大論點，論據不足，犯“推不出”的毛病;
結構混亂，缺乏邏輯性。前後顛倒，層次不清。胡子眉毛一把抓。有的主次不分明，重點不突出。有的論點與論據之間沒有必要的聯系，二者或互相脫節，或互相矛盾，犯“引論失據”的毛病，其原因是對概念和事實並沒有真正理解;
分析問題時不是從實際出發，從對事實的分析中得出結論，而是用觀點去套例子，用事實去印證觀點;