司法會計鑒定報告的格式目前尚無明確規定，一般情況下，應包括緒言、鑒定過程、鑒定結論三部分。
(一)緒言
緒言部分需寫明鑒定根據、鑒定事由、鑒定目的和鑒定概況等內容
1、鑒定根據，即司法會計鑒定人員進行司法會計鑒定的法律依據。通常可表述為“受本院院長委派，……”或“根據某某(司法機關)某年某月某日第某某號委托書，受該(司法機關)委托，……”等。
2、鑒定事由，即對何案件進行鑒定。內容包括：案由即主要當事人的姓名、職務或職業、相關機構名稱、鑒定對象等。
3、鑒定目的，即通過鑒定需要查明的財務會計事實
4、鑒定概況，即實施鑒定需要查明的財務會計事實。
(二)鑒定過程
鑒定過程的描述一般包括鑒定範圍、鑒定材料、鑒定分析意見三方面的內容：
1、鑒定範圍，即鑒定項目及被鑒定資料的範圍
2、鑒定材料，即鑒定所見資料的記載內容。註意：一是無需對鑒定所見全部材料進行羅列，而隻需寫明與鑒定結論有關的內容;二是對鑒定所見資料的內容應進行概括性的記述，而無須逐一記述鑒定資料的全部內容。
3|、鑒定分析意見，即對鑒定所見資料的評價和說明。
鑒定分析意見隻限于對鑒定材料內容進行直觀的評價和說明，不應帶有推理的內容;鑒定分析意見隻限于對與鑒定結論有關的鑒定材料的內容進行評價和說明，不需要對所有鑒定所見資料的內容都進行評價和說明。
(三)鑒定結論
司法會計結論是指司法鑒定人對司法機關提請鑒定的財務會計問題，根據其對財務會計資料及相關證據的檢驗結果，進行科學的鑒別、分析和論證後所作的結論性意見。具有如下特征：
1、司法會計鑒定結論是一種結論性意見，而不僅是一種書面檔案;
2、司法會計鑒定結論是司法會計鑒定人所作的結論性意見，根據我國訴訟法律的規定，隻有且必須由鑒定人做出鑒定結論;
3、司法會計鑒定結論是司法會計鑒定人針對司法機關提請鑒定的財務會計問題所作的結論性意見，既不能回避司法機關提請鑒定的問題，其結論範圍也不能超出司法機關提請鑒定的範圍;
4、司法會計鑒定結論是完整的司法會計鑒定活動的結果，由司法鑒定人根據檢驗結果而鑒別判定的案情事實，是全部司法會計檢驗鑒定活動的結果。
為突出針對性和實用性，結論必須符合以下要求：
1、結論的內容必須與緒言部分的鑒定要求相對應，即鑒定結論隻能回答緒言部分要求見鑒定的問題，切忌答非所問;
2、結論的內容必須以檢驗所見事實為依據。對基本證據所不能表達的行為內容、行為過程、行為後果、行為人的心理狀態及行為性質等，均不得進行表述;
3、鑒定結論必須使用規範的財務會計術語，並應與所表述的財務會計業務的類型相稱;
4、結論必須完整地表述財務會計事實;
5、結論用語必須確切。隻能使用肯定用語或否定用語，不得使用或然用語(如不排除虛開發票的可能之類的用語);結論用語的含義必須是確切的，不得含糊不清。(如要表述為：因虛報支出已造成庫存現金減少某某元，而不要表述為：帳面減少現金某某元，因為帳面減少一語沒有確切的含義)，結論用語之間的搭配要有邏輯性。
6、必要時，在審計報告意見段後說明審計報告的目的以及分發和使用上的限製。