可愛的大森林裏，住著一對心地善良的老夫婦。他們膝下無兒無女，靠自己辛勤勞動安度晚年。
冬天剛剛過去，春天剛剛來臨，他們就開始下地幹活兒了。有一天，他們在勞動時撿到一顆奇異的種子。種子金光閃閃，有手指頭那麽大，上面刻有美麗的圖案：一幢小房子，房子前有許多小小人。夫婦倆高興地把這棵多色的種子播在院子裏的沃土之中，希望它能夠發芽、開花、結果。
好多天過去了，夫婦倆不停地澆水、施肥，種子遲遲不見發芽。盡管這樣，夫婦倆還是不泄氣，仍然精心培育，天天澆水、施肥。
春暖大地，樹葉綠了，百花開了，種子也長出兩片可愛的嫩芽。夫婦倆可高興了，更加精心護理這棵小嫩芽。小嫩芽一點點地長大了，長成了小幼苗，長成了小樹苗，長成一棵大果樹。大果樹隻開出了一朵美麗的大大的金黃色的花。初夏，花謝了，樹上結出了一顆大大的金豆豆，在太陽光的照耀下，金光閃閃，燦爛無比。終于有一天，金豆豆裂開了，跳出許多小金豆。小金豆裂開了，跳出了一個個的小小人。夫婦倆一會兒抱抱這個，一會兒又親親那個，把他們帶回家，高興得不得了。大金豆豆呢，又慢慢地合上了，靜靜地躺在樹枝叢中。第二天，辛勤勞動了一天的老兩口回到家，放下鋤頭，走進小屋，一眼便看見桌上放著許多山珍海味。夫婦倆正在驚奇的時候，小小人們從裏屋走了出來，簇擁著夫婦倆來到飯桌前，扶他們坐下，一個勁地把好菜往老兩口碗裏夾。夫婦倆見了，拍拍這個，摸摸那個，樂呵呵地笑個不停。
後來，他們把這件事告訴了森林裏的鄰居。于是，一傳十，十傳百，沒過幾天，森林裏的居民都知道了這件奇事。
森林居民中有一個貪心的老財主，聽說夫婦倆種了棵奇異的果樹，還結出了一顆金光燦燦的豆豆，便想：那一定是金的。我要是把它弄到手，說不定每年都可播下去，也種出一棵大果樹，結出一顆大金豆，那一定能賺很多的錢。夜裏，夜深人靜，老財主估計夫婦倆已經睡熟了，便偷偷來到果樹前，想偷金豆豆。可惜，他的如意算盤打錯了，小小人們早已用遙控心理勘測器探測到了老財主的壞心眼兒，早已埋伏在果樹周圍。等老財主拿著刀剛要砍果樹上的金豆豆時，小小人們就一擁而上，手持短劍包圍了老財主。其中一個小小人指著老財主的大鼻子說：“你這個老壞蛋，竟敢來偷我們的房子。”老財主怕吃眼前虧，他裝出一副可憐相向小小人們哀求道：“唉呀呀!我的小皇帝，我怎麽敢來偷你們的房子呢?”忽然，他指著小小人身後的樹林子喊了起來：“你們看，那是什麽?”等小小人們扭轉頭一看，老財主一溜煙地跑了。
小小人們把老財主來偷金豆豆的事告訴了老兩口，夫婦倆聽了嚇得趴在了地上，說：“不得了，老財主有權有勢，你們惹下大禍了。”“阿公、阿麼，你們不用怕。”一個小小人歪著腦袋，指著窗外的那顆金豆豆說：“這是一座金房子，過幾天就成熟了，成熟了就有一種神奇的本領。”
過了一天又一天，秋天到了，金豆豆成熟了，長得有一座房子那麽大，落在地上，就像一座金碧輝煌的小宮殿。金房子裏面共分四層：第一層是儲藏室，第二層是客廳，第三層是臥室，第四層是兩間大房。兩間大房，一間是為老兩口準備的活動室，另一間是機器房。機器房裏很奇怪，沒有什麽精密的機器，隻有一台十分精致美觀的小鋼琴。隨著小小人彈奏的優美樂曲，金房子將會隨著飛起，降落，飛高，飛低。
老財主見夫婦倆得到了一座美麗而神奇的房子，再也熬不住了，聯合了森林裏所有的財主、狗腿子，四面包圍了夫婦倆的家，要搶金房子。然而，小小人們不慌不忙，他們把夫婦倆扶進小房，然後來到機器房，彈奏起了鋼琴。隨著美妙的樂曲聲，金房子升到了空中。然後小小人從空中射出了一顆顆燃燒彈，把在場的壞蛋都活活燒死了。
小小人們駕駛著金房子，和夫婦倆一起向遙遠的地方飛去，飛去。至今人們也不知道飛到了什麽地方。