春回大地，更逢慢羊羊村長100周年慶典。慢羊羊的坐騎老蝸牛卻突然病倒，經過檢查，村長感到如臨大敵，打算潛入蝸牛身上消滅引起這個病變的病毒。小羊們覺得危險，要代替村長前往蝸牛的身體上消滅病毒。沒想到灰太狼偷聽到，也要進入蝸牛體內捉小羊。
喜羊羊、沸羊羊、懶洋洋和美羊羊到了蝸牛的兩隻觸角上。喜羊羊和美羊羊還沒搞清楚這是個什麽地方，就被白菌(白牛)士兵強行征召入伍當兵。而且不須新兵訓練，直接就拉上戰火連天的前線。
在軍營內得知，這是個位于蝸牛觸角上的細菌國度——白牛國。最近這個蝸牛世界不再平靜，終日發生地震。國王斷定一定是處在另一隻觸角上的黑菌(黑牛)王國——黑牛國搞的鬼，為了消滅邪惡的黑牛國，製止這場細菌感染，白牛國征集了全國兵力，發動了戰爭。既然大家的目的一致，喜羊羊參加到了白牛國的軍隊，一同和黑牛國的細菌作戰。
兩國在國境線上擺開戰場，喜羊羊發現黑牛國竟然是灰太狼領軍,更造出新式武器坦克和飛機，白牛國全軍潰敗，還被重重包圍。
喜羊羊攜帶而來的通訊器一直沒有信號，為了和村長取得聯絡，喜羊羊要經過危險禁地——漩渦黑森林，這裏菌跡罕至，一旦進入九死一生。但喜羊羊還是毅然出發，經過長途跋涉，在即將到達森林出口的時候，不幸遇上了神秘的細菌蠻族(黃牛)，雖然喜羊羊逃脫出來，可是通訊器卻落入了蠻族手中。灰太狼更成為他們的軍師，造出許多控製細菌的控製器，一舉消滅黑牛和白牛兩個細菌王國，事成之後，那兩國細菌是蠻族的糧食，而小羊則由灰太狼享用。
浩浩蕩蕩的蠻族細菌大軍將他們兩國包圍得水泄不通，並揚言要將兩國細菌都作為他們的食糧。兩個國王都萬萬想不到，一向溫順、與世無爭的蠻族細菌竟然就是引致這個世界病變的真正根源!
正當灰太狼得意之時，沒想到自己也給黃牛蠻族細菌大王吃掉。喜羊羊為救眾人，與黃牛開展生死大戰，最後更犧牲救回小灰灰，令灰太狼答應以後再不吃一根羊毛。
最後，蝸牛終于回復了健康，小羊們和灰太狼夫婦也回到了草原上，但灰太狼卻在慶功會上發難，並表示自己並沒有違背誓約——一根羊毛也不吃，那可是剝了皮再吃!不料喜羊羊卻早有準備，反製住了灰太狼。其他小羊憤怒地要把灰太狼消滅時，喜羊羊倒把他們放走——因為，世間萬物自有他存在的道理，不能輕言消滅——青青草原上，羊和狼的歡樂故事還將永遠繼續!
喜羊羊
機智、勇敢、樂觀，永遠帶著微笑，也是族群裏跑得最快的羊，每次都識破灰太狼的陰謀詭計、拯救了羊羊族群的生命，是羊氏部落的小英雄。
美羊羊
愛美、愛打扮、心靈手巧，能用任何東西編織出能用來打扮的飾物。還是營養學家、美容師、模特兒、服裝師......一切與“美”有關的，她都非常精通。在羊村裏最受羊仔們歡迎，是大家跟風學習模仿的對象。
懶羊羊
青青草原上最聰明的一隻小肥羊，因為比別人聰明，幹活、讀書都比別的羊快，所以有很多時間可以用來睡覺。他不愛運動，隻是聰明機智，而且臨危不亂，總是一派大智若愚、舉重若輕的感覺。
沸羊羊
最健壯的羊，也是最魯莽的一隻羊，最喜歡的事是健身。迷戀美羊羊。無論對什麽羊都是看不順眼，經常是板著臉孔，一副很酷的樣子，對所有事情總是持反對意見。以為自己英偉不凡，天下無敵，其實什麽都無能為力。
慢羊羊
羊部落中最年長的長者，博覽群書，平時最愛搞搞小發明小創造，是個烏龍發明家。發明時往往害得自己吃盡苦頭，但危急是發明的東西又能派上用場，但是因為年紀老，每個行地動都慢吞吞，把身旁的羊急死。
暖羊羊
羊學校新來的轉學生，個性溫馴、友善、有一副菩薩心腸，認為世上沒有壞人，所以從不隨
便傷害任何人，包括一草一木，甚至是灰太狼。可是她力大無窮，難以控製，往往隻是輕輕拍拍肩膀，便可將對方拍扁。越想表示友好，越容易傷害旁人-----令她十分苦惱。
軟綿綿
500年前羊族的第一任族長，帶領羊群在青青草原建起了羊村
灰太狼
灰太狼是雄性大灰狼，住在草原邊上的樹林，是一個奸詐但又愚蠢的笨壞蛋，平時在家愛鑽研辦法，練習偷雞摸狗的技巧，一有機會就去騷擾羊部落，永遠想偷羊吃，永遠被喜羊羊識破打敗，怕老婆，經常是老婆出口，他出手，事情沒辦好，就要受狼老婆的處罰。
小灰灰
小灰灰樣子十分溫馴、可愛天真。是灰太狼和紅太狼的兒子，它可不像灰太狼和紅太狼一心想吃羊肉，有時候總搗亂說錯話，但是深受大家的喜歡
紅太狼
紅太狼是灰太狼的老婆，一隻好吃懶做、凶悍無比的母狼，貪婪、虛榮、忌妒、邪惡、狠毒，雖然長得很不怎麽樣，卻是身材妖冶，還自己打扮得豪華高貴，總認為自己是天下最美的女人，所以對于任何美的東西，她都要想方設法毀掉。
澎恰恰
咚咚鏘的哥哥，黃牛國國王。
陰險，邪惡，好戰，有心計，睚眥必報，因為小時候受盡歧視，所以當他成為首領時，更變本加厲的報復大家，要統治整個蝸牛世界，最不能忍受別人叫他“野種”。但後來恢復善良，重新做人。
咚咚鏘
澎恰恰的弟弟，原先是白牛國士兵，因巧合與喜羊羊成為好朋友。
給人感覺渾渾噩噩毫無人生目標，膽小怕事，但內心善良，愛耍小聰明逃避問題，人生最大的目標就是找回自己的父母。最不能忍受別人叫他“野種”，但又不敢反抗。
白牛大王
頭腦簡單的武力崇尚者，有勇無謀，凡事喜歡硬來，暴躁，固執，不講道理，一意孤行，做事沖動，想到什麽就會立即去做，常常會不切實際的定下超前目標，然後不惜一切代價的去完成它，他的這一性格常常導致他做事本末倒置。他還擁有一個良好的作風，就是今天的事一定要今天完成。
黑牛大王
性格陰險狡猾，野心勃勃，喜歡利用別人，口頭禪是“明天怎樣怎樣”。然而到了第二天就將許諾過的話忘得一幹二凈。非常容易承諾別人，也非常容易忘記自己的承諾，一旦被別人追問時還會矢口抵賴，相當沒有額度可言。