《徐霞客遊記》的版本和流傳過程都很復雜，有抄本和刊本兩個系統，每個系統下面又有很多種，我們在這裏隻擇其要者作較簡單的介紹。
一、抄本系統
1.季夢良抄本（一），不傳。
季夢良是徐霞客家的塾師，也是徐霞客的好友。季夢良是第一個全面整理徐霞客遊記的人。其《序》說：“餘時就榻前談遊事，每丙夜不倦。既而出篋中稿示餘日：‘餘日必于有記，但散亂無緒，子為我理而輯之。’餘謝不敏。霞客堅欲授餘，餘方欲任其事，未幾，而霞客遂成天遊。夫霞客之事畢矣。而餘事霞客之事猶未畢也。迨其後，紀盡為王忠紉先生攜去，餘謂可以謝其事矣。忠紉之任福州，仍促冢君攜歸。冢君復出以示餘日：‘非吾師不能成先君之志也。’啓篋而視，一一經忠紉手較，略為敘次。餘復閱一過，其問猶多殘闕焉。遍搜遺帙，補忠紉之所未補，因地分集，錄成一編，俟名公刪定，付之梓人，以不朽霞客。餘不敢謂千秋知己，亦以見一時相與之情雲也。”也就是說，徐霞客旅遊途中天天寫有遊記，但未加整理。從雲南病歸之後，臥床不起，在病中將整理遊記的事托付給季夢良，不久即病逝。後來徐霞客另一個朋友王忠紉從季夢良處拿走遊記的所有手稿。王忠紉對手稿作了初步的整理和編輯之後，要去福州赴任，臨行前將手稿交給徐霞客長子徐屺。徐屺又將手稿交給季夢良，希望他能完成徐霞客的遺願。季夢良發現王忠紉核校過的稿子仍有很多遺缺，于是遍搜散稿，盡量補齊，並按遊歷之地分集，抄錄了一遍。這是《徐霞客遊記》第一次成書，季夢良的序寫于壬午即崇禎十五年（1642）臘月十六日，離徐霞客去世將近兩年。
2.季夢良抄本（二），殘本五冊存北京圖書館。
清順治二年（1645）三月，清軍屠江陰城，徐屺遇難（一說徐屺死于家中“奴變”），遊記原稿被燒毀，季夢良抄本亦散失。季夢良再次蒐集整理，但已缺《滇遊日記》首冊。現存各冊均有“虞山毛晉”、“汲古後人”、“莫友芝圖書印”、“莫繩孫印”、“吳興劉氏嘉業堂藏書”等印記，說明此書曾為汲古閣、莫友芝、劉嘉業等收藏，于建國後轉入北圖。據錢謙益《囑徐仲昭刻遊記書》及《囑毛子晉刻遊記書》推斷，此本即由徐霞客族兄徐仲昭送往汲古閣的抄本。錢氏絳雲樓于順治七年（1650）十月失火，徐仲昭于順治十年（1653）去世，因此，此本流入汲古閣時間當為順治七年十月以後至順治十年。
季夢良以“一時相與之情”而不辭辛勞，兩次蒐集整理抄錄遊記，成就霞客遺志，實在可謂“千秋知己”。
3.史夏隆抄本，不傳。
史本沒有流傳下來，僅存史夏隆的一篇序言。《序》雲：“今所存《徐霞客遊記》四冊，同裏曹生學遊購為枕秘，餘屢購不得。至丙午而得之，方快披閱，而草塗蕪冗，殊難為觀，須經抄訂，方可成書。即錄其四之一，偶爾擱筆，忽忽二十年，每一檢書，心為快悵。計圖完善而眼愈昏，手愈懶，年愈邁。今且七十二矣。偶友人談及未見書，因出記以示。友人雅興，願代抄之，終難托兩手，遂鼓腕拭目，日限一篇，凡九閱月而告竣。更念霞客一生心血，走筆成書，五十年後，予為脫稿。人置之，則廢紙也；家存之，則世珍也。適兒輩赴試澄江，命訪其子若孫而畀之，奈淪亡凋落，不可問。餘方浩嘆，一片苦心，未完勝果。忽吳子天玉以善青囊術遊四方，歸而過我，問案頭何抄？餘示以書，且告書故。吳子躍然曰：‘今日之來，正為此書。霞客尚有子也。幼遇亂出亡，冒李姓，有父風，素與相善。方遇江幹，囑往曹室訪此書。曹已亡，曹家馬然不知所答。今過先生而得其書，是天假先生以成霞客之畸也。’遂于甲子年清和月，率其子拜授原書。”後來楊名時發現史抄本有許多錯訛和刪減倒置之處，因而斥其為天下率意改竄文字者之鑒。但是，從《序》中我們得知，史夏隆從曹學遊處得到遊記四冊，斷斷續續抄了四分之一。為了使徐霞客其人其事其書得以傳世，在七十二歲高齡的時候，下定決心，連續花九個月的時間，鼓腕拭目，將其抄完，並千方百計尋找徐霞客後人，無論如何，這片苦心，這番高義，是應該受到尊重的。
4.徐建極抄本，共六冊，曾先後為鄧之誠、譚其驤先生收藏，今存鄧克先生處。
徐建極（1634~1693），字五征，號範中，為徐霞客長子徐屺之子，是徐霞客最鍾愛的兩個孫子之一。徐霞客西遊歸來，在病榻上給徐建極和徐建樞兄弟講旅途的種種奇遇，與他們一起摩挲玩弄從雲南帶回來的大理石、奇樹、虯根等。並告誡他們：“男兒當奮志勛名，立功萬裏外，纓名王之頸，鐫燕然之石而歸耳，奚以此區區者為。”（《民譜》卷55《傳文》之《世系表·廩彥範中公傳》）徐建極出生時，徐霞客同日接到好友文震孟、陳仁錫、黃道周等五位翰林的書信，非常高興，說：“是兒必能光大吾家。”徐霞客在雞足山曾為好友唐泰後繼無人而憂慮，他對自己兒孫的期望可想而知。徐霞客認為，男兒應當有青雲之志，立功萬裏。可見他並不像一般隱士那樣主張消極無為，隻不過他追求的不是世俗功名。
據《廩彥範中公傳》，徐建極“構訟之明年”，一個姓劉的督學江南，劉博學嗜奇，曾在錢謙益《初學集》中見到《徐霞客傳》，非常艷羨，訪查其後人欲得遊記，徐建極于是抄了一本呈送。鄔秋龍先生考證，“構訟”之事即順治十八年（1661）的“奏銷之禍”，徐建極受牽連而耽誤功名。據此判斷，徐建極本應抄于康熙元年（1662）。起自崇禎十一年（1638）三月二十七日，迄于崇禎十二年（1639）九月十四日，內署“江上徐弘祖霞客甫著，孫建極錄”。不卷宗，未列細目。體例和季本（二）一致。
5.李介立抄本，不傳。
李介立（1628~1700），為徐霞客第三子，其母周氏為徐霞客妾，不容于正妻而帶著身孕被逐，改嫁李氏，故名“寄”，並因介兩姓而歷兩朝，故字“介立”。徐霞客的四個兒子中，李寄才學最高，也最具父祖遺風，體貌性情均甚似霞客。曾應童子試，被知府擢為第一。不久即悔功名之念，不復院試。隱居鄉裏，不阿權貴，不受饋贈，獨自課徒奉母，而且終身未娶，最後在貧病交加中去世。李寄早年曾想認祖歸宗，徐氏不納。成名之後，江陰名士沙張白曾作《勸友徐介立復姓書》，力勸其恢復本姓，他執意不肯。徐霞客有一女兒嫁江陰周儀甫，丈夫早亡而不改嫁，始終讓兒子周公茂對李寄執甥舅之禮。李寄著述頗豐，大多散失，有部分詩作及《天香閣隨筆》傳世。
李寄對父親徐霞客深有感情，對《徐霞客遊記》的散失十分痛惜，曾設法四處蒐集，于康熙二十三年（1684）從宜興史夏隆處得到曹駿甫的抄本，但經塗抹刪改，已非廬山面目。李介立從日影中照出曹本原文，與原有的季本互校，訂正訛誤，並補入《遊太華山記》、《遊顏洞記》、《盤江考》等季本沒有的內容。此本被認為是後來流傳諸版本之祖，但乾隆年間陳泓整理版本時已不見此本。
徐氏家族有負李寄，李寄卻未負乃父，他為《徐霞客遊記》的儲存、流傳做出了巨大的貢獻。
6.楊名時抄本（一），不傳。
楊名時，字賓實，號凝齋，江陰人，康熙進士，曾任雲貴總督及禮部尚書。他在康熙四十八年（1709）從劉開南處得到《徐霞客遊記》，遂花兩個月時間抄錄。
7.楊名時抄本（二），十冊，藏北京圖書館特藏部。康熙四十九年（1710），楊名時從朋友處得到《徐霞客遊記》的另外一個抄本進行校對，才知道前一次的本子出于宜興史氏，頗多訛誤，于是對第一次抄本作了校勘改正，並重新抄錄一遍。《四庫全書》所收即“楊名時所重加編訂者也”（《四庫全書總目提要》）。
楊名時抄本（二）是目前所見較完整的早期《徐霞客遊記》抄本。除了北圖所藏之外，華東師大圖書館亦有楊名時抄本，不知孰為原抄孰為復抄。
8.陳泓抄本，不傳。
乾隆年間，江陰人陳泓集李寄、楊名時等抄本（或復抄本），校對數次，並經融郊師訂正完好，抄成一部。陳泓有《諸本異同考略》，對《徐霞客遊記》的版本流傳作了詳細的梳理。
9.鮑廷博抄本，五冊，藏北京圖書館特藏部。
鮑廷博（1728～1814），字以文，號綠飲，安徽歙縣人。諸生，流寓桐鄉烏鎮，藏書極豐富，曾向四庫館進書六百餘種，並曾校刊知不足齋叢書三十集。此本由鮑廷博校，吳騫、唐翰題跋。首篇《遊天台山日記》有眉批、評點、行中註。
10.韻石山房抄本，四冊，藏中國科學院圖書館。不知何時何人所抄，首頁有“韻石山房”印章。除了上述十種抄本外，尚有曹駿甫、奚又溥（二種）、
楊天賜、劉南開、梧塍徐氏、邑中夏氏（二種）、趙日宣等抄本，今皆不傳。
二、刊本系統
1.徐鎮木刻本徐霞客族孫徐鎮于乾隆四十一年（1776）重新手錄並刻板付印，這是《徐霞客遊記》第一個木刻本，以後各本均據此。中國科學院圖書館、北京圖書館等均有此本。徐鎮在《例言》中說，此前《徐霞客遊記》的善本是楊名時本和陳泓本，此刻本以楊、陳本作指南，又匯集各抄本，參考互訂，務求恰當。
2.葉廷甲刻本
嘉慶十一年（1806），徐鎮以自己刊行的《徐霞客遊記》送給江陰人葉廷甲，葉廷甲見“朽蠹頗多”，于是借楊名時手抄本和陳泓校本與徐鎮刊本悉心勘對，發現不少舛誤，因此于嘉慶十三年（1808）重新刊行，“訛者削改，朽者重鐫”。葉廷甲本又有新印、舊印之分，新印本有錢牧齋《徐霞客傳》而舊印本無。
3.丁文江本
1928年出版丁文江主持編輯的《徐霞客遊記》，二十卷，上下兩冊，16開，用新式標點。有丁文江撰寫、編製的《徐霞客年譜》及《旅遊路線圖》。丁本文字訛誤較多，1929年上海商務印書館的萬有文庫本據丁本刊印，但根據徐本校正了不少誤字，為建國前較好的鉛印本。
4.褚紹唐、吳應壽整理本
1980年上海古籍出版社出版褚紹唐、吳應壽兩位先生整理的《徐霞客遊記》。此本以季本二和徐鎮本為底本，參校徐建極本、陳泓本、楊名時本二以及其他多種抄本、印本進行整理，並由褚紹唐、劉思源編繪旅行路線圖39幅，另印一冊，于1980年上海古籍出版社出版。上海古籍本《徐霞客遊記》于1982年再版，1987年出增補本。1991年由中國地圖社出版了由褚紹唐主編、重新編製的《徐霞客旅行路線圖集》。一般認為，此本為目前最好的版本。
5.朱惠榮校註本
1985年雲南人民出版社出版朱惠榮先生校註本。此本以季本二和徐鎮本為底本，參校其他各種抄本、刊印本以及近人研究成果進行校註，用簡化字橫排版。對一些難字、歷史地名、人物名稱、典章製度、自然地理現狀、名勝古跡等作了註解，並編製了十三幅徐霞客旅遊路線圖。此本為第一個校註本，對《徐霞客遊記》的普及具有重要意義。另，貴州人民出版社于1997年出版了由朱惠榮等譯註的《徐霞客遊記全譯》，原文與譯文對照，有註，篇首有簡明扼要的“題解”，比較適合普通讀者。
除以上幾種刊印本之外，尚有清活字排印本、鹹豐年印本、瘦影山房本、掃葉山房石印本、集成圖書公司鉛印本、莫釐樵子標點本、國學基本叢書本、世界文庫本等。關于版本的詳細情況可參看唐錫仁、楊文衡先生著《徐霞客及其遊記研究》一書中“遊記的版本與流傳”一節。
從上面的介紹中可以看到，在《徐霞客遊記》的流傳過程中，不少人付出了辛勤的汗水甚至數十年的精力。從一些抄錄和刊印者留下的序言可知，他們大都有一個共識，用錢謙益的話來說就是：“不惟霞客精神不磨，天壤間亦不可無此書也。”（《囑徐仲昭刻遊記書》）