徐霞客之遊，以崇禎九年（1636）為界，可分為前後兩期。萬歷丁未至崇禎八年（1607～1635）為前期，主要慕遊名山；崇禎九年至崇禎十三年（1636～1640）為後期，完成了西南萬裏遐征。
自20歲遊太湖開始，徐霞客定方而往如期而返。天啓五年（1625）徐母去世，徐霞客孝滿之後感慨地說：“昔人以母在，此身未可許人也；今不可許之山水乎。”（陳函輝《徐霞客墓志銘》），于是拜別父母墳墓，放志遠遊，不計程，亦不計年，旅泊岩棲之間。崇禎五年（1632），徐霞客曾與友人陳函輝點燈夜話，自敘半生遊跡：“萬歷丁未，始泛舟太湖，登眺東、西洞庭兩山，訪靈威丈人遺跡。自此歷齊、魯、燕、冀間，上泰岱，拜孔林，謁盂廟三遷故裏，嶧山吊枯桐，皆在己酉。而餘南渡大師落迦山，還過此中，陟華頂萬八千丈之巔，東看大小龍湫，以及石門、仙都，是在癸醜。惟甲乙之間，私念家在吳中，安得近舍四郡？秣陵為六朝佳麗地，高皇帝所定鼎也。二十四橋明月，三十六曲濁河，豈可交臂失之！迨丙辰之履益復遠：春初即為黃山、白岳遊；夏入武彝九曲；秋還五泄、蘭亭，一觀禹陵窆石；系纜西子湖，又將匝月，丁巳家居，亦入善權、張公諸洞。登九華而望五老，則戊午也。抵魚龍洞，試浙江潮，至江郎山、九鯉湖而返，則庚申也。以辛酉、壬戌兩歲，歷覽嵩、華、玄三岳，俯窺贏、渤，下溯瀟、湘，齊州九點煙，尚隱隱如指掌間，憶所遇異人，如匡廬之慧燈禪師，終南之採葯野人，太華之休糧道者，了無風塵色相，至今猶在目中也。”當陳函輝問他是否感覺到累時，他回答說：“未也。吾于皇輿所及，且未悉其涯渙，粵西、滇南，尚有待焉。即一峨嵋一行，以奢酉發難，草草至秦隴而回，非我志也。自此當一問閬風、昆侖諸遐方矣。”可見他的目標是要盡遊天下。這次“夜話”之後，他于次年（1633）遊了山西的五台山和恆山，然後家居兩年。
徐霞客前期旅遊歷時近30年，足跡遍及江蘇、浙江、安徽、山東、河南、河北、北京、陝西、山西、江西、福建、廣東、湖北等省市，留下遊記17篇，約5萬餘字，佔現存遊記的7％。與後期遊記比較，前期遊記有一個非常醒目的特點，即除了前、後兩篇《閩遊日記》外，其他15篇均為遊名山日記，這些名山依次是浙江天台山；浙江雁宕山（今雁蕩山）；安徽白岳山（今齊雲山）；安徽黃山；福建武彝山（今武夷山）；江西廬山；安徽黃山（第二次）；福建九鯉湖；河南嵩山；陝西太華山（今華山）；湖北太和山（今武當山）；浙江天台山（第二次）；浙江雁宕山（第二次）；山西五台山；山西恆山。
第一階段徐霞客多在春天或秋天出遊，時間少則十天半月，多則一兩個月，一般不超過三個月。其中最長的一次是崇禎六年（1633），先北上京師，遊盤山；再往山西遊五台山、恆山；然後往東南遊福建。
後期之遊隻有一次，歷時四年，是徐霞客一生中出遊時間最長的一次。這次旅行，途經八省，歷時四年，寫下遊記64萬餘字。
早在1620年，他起程去福建九鯉湖時就說過：“餘志在蜀之峨眉、粵之桂林，及太華、恆岳諸山；然蜀、廣、關中，母老道遠，未能卒遊。”崇禎九年（1636），徐母已經故去，徐霞客自己年屆五十，“老病將至”，覺得西遊之志不能再加拖延，于是，毅然開始了西南方向的“萬裏遐征”。他于崇禎九年（1636）九月十九日從江蘇江陰出發，途經浙江、江西、湖南、廣西、貴州，最後到達雲南。在雲南兩年，足跡北過雞足山到麗江，西過大理到騰越。徐霞客認為，昔人所記星官輿地，不隻有承襲附會的毛病，而且對長江黃河以及昆侖等山脈的記載都隻局限于“中國一方”，未能窮盡源頭，因此，他準備問津西域，作海外之遊。到了雲南之後，他本想去緬甸，經朋友勸阻而止。他在雲南因“病足”行動不方便，應麗江木太守之邀，花三個月時間修成《雞足山志》，再由木太守派人派車送他返家，經湖北、安徽，于崇禎十三年（1640）六月回到江陰。歸家後臥病在床，“不能肅客，惟置怪石于榻前，摩挲相對，不問家事”（陳函輝《徐霞客墓志銘》），仍與友人談旅遊的事，每至深夜不倦。次年正月病逝，臨終托友人季夢良整理遊記、陳函輝作墓志。三月九日葬于江陰。
徐霞客病情危重時曾對前來問候的朋友說：“張騫鑿空，未睹昆侖，唐玄奘、元耶律楚材，銜人主之命，乃得西遊。吾以老布衣，孤筇雙屨，窮河沙，上昆侖，歷西域，題名絕國，與三人而為四，死不恨矣。”（錢謙益《徐霞客傳》）可見他非常清楚地意識到，西南遐征是他一生最大的驕傲，他將因此而與張騫、玄奘一樣載入史冊。
綜合《徐霞客遊記》及其他有關資料，可以按時間先後將徐霞客一生主要旅行路線概述如下。
第一次出遊。萬歷三十五年（1607），徐霞客年二十，從家鄉乘舟入運河，遊太湖，並登眺東西洞庭兩山，訪靈威丈人遺址。母親為他這次出遊製作了“遠遊冠”，以壯行色。
第二次出遊。萬歷三十七年（1609），遊歷齊魯燕冀京師（今山東、河北、北京）諸地。他沿京杭大運河北上過京口（今鎮江）、揚州，並橫渡長江。進山東，遊覽曲阜、泰安等地，拜謁孔林，訪孟廟以及孟母三遷的舊跡，憑吊嶧山古桐等。
第三次出遊。萬歷四十一年（1613）春，與江陰迎福寺蓮舟和尚一起，先抵杭州，東行經紹興、寧波渡海遊落迦山（今普陀山），無遊記。以後循海南行，第一次遊天台山和雁宕山（今雁蕩山），有《遊天台山日記》和《遊雁宕山日記》。
遊天台山的路線為：三月的最後一天自寧海縣城起程，四月初一進入天台縣境，四月初九離開天台山。他遊覽過華頂峰、石梁飛瀑、斷橋三曲瀑布及珠簾水、寒岩、明岩、鳴玉澗、瓊台、雙闕、赤城等地，沿途經過天封、萬年、國清、方廣諸寺。
遊雁蕩山的路線為：遊天台山後從黃岩進入雁蕩山。四月十一日登靈峰洞，十二日遊靈岩，十三日觀賞大龍湫瀑布，十四日翻山越嶺，冒著生命危險尋找雁湖。
第四次出遊。萬歷四十二年（1614）冬至次年春，溯長江而上，遊京口、揚州、金陵（今南京）等地，尤其著意于二十四橋明月、三十六曲濁河等名勝古跡。
第五次出遊。萬歷四十四年（1616），與潯陽叔翁一起，過完春節即由水路南下至杭州，經安徽休寧抵白岳山，再遊黃山；又經徽州、金華過仙霞嶺到福建崇安，遊武彝山（今武夷山）。有《遊白岳山日記》、《遊黃山日記》、《遊武彝山日記》。
遊白岳山的路線為：正月二十六日出休寧縣西門，至二月初一日，皆在白岳山。先遊覽東部齊雲岩景區，包括天門、珠簾水、榔梅庵、太素宮、文昌閣、舍身崖諸勝，並眺覽三姑峰、五老峰、紫霄崖。後經西天門、雙溪街遊覽了西部石橋岩景區，觀石橋飛虹、龍涎泉，登棋盤石，遊觀音岩，尋龍井。
遊黃山路線為：遊白岳山後，二月初三到湯口，在黃天，浴湯池後從南往北登山，過祥符寺、慈光寺、天門登平天、獅子峰，遊獅子林、接引岩，至松谷庵。由原路登山，十一日出湯口。
遊武夷山的路線為：二月二十一日至二十日遊武夷山。先溯九曲溪舟行，抵六曲，登入上大隱屏、天遊峰，徊西遊小桃源、鼓子岩、靈峰，至獅子岩復乘舟由九曲順流而下，至四曲再登入，覓大藏、小藏諸峰及一線天、會真觀換骨岩、水簾洞、杜轄岩等，至赤石街下舟返崇安。
第六次出遊。萬歷四十五年（1617），遊宜興的善卷張公諸洞。這一年，徐霞客原配許氏去世。
第七次出遊。萬歷四十六年（1618）八九月間，與蔭兄雷門、堂侄白夫一起，由江陰出發溯長江而上，經九江扣廬山，又渡都陽湖，過景德鎮、安徽祁門，重登黃山。有《遊廬山日記》和《遊黃山日記後》。
遊廬山的路線為：八月十八日到九江，次日從北麓型山；二十三日從南麓的開先寺別廬山。在廬山五日，遍遊矗池、三疊泉、五老峰及廬山絕頂漢陽峰等勝景。
重遊黃山的路線與第一次大同小異，于九月初四仍由湯口上山，從南往北經朱砂庵、石門、文殊院、平天砸、石筍矼至獅子林；轉向東南觀牌樓石，遊仙燈洞；再過丞相原九龍潭，初六日經苦竹灘往太平縣。
第八次出遊。泰昌元年（1620）五六月間，與族叔雋若一起，由水路南下，經杭州，第二次入福建，經崇安、崔田，遊九鯉湖。有《遊九鯉湖日記》。
《徐霞客遊記》說，這次出遊時間為六十三天。于五月初六起程，二十三日過浙江江山縣，南遠至近，移步換形，觀賞江郎山；六月初八、初九遊覽福建仙遊縣九鯉湖；六月十一日遊福建福清縣的石竹山。
第九次出遊。天啓三年（1623）春，循運河北上，經淮安西行，過徐州、鄭州而遊嵩山；再西遊太華山，後南抵太和山。有《遊嵩山日記》、《遊太華山日記》、《遊太和山日記》。據陳函輝《徐霞客墓志銘》、錢謙益《徐霞客傳》，遊太和山後有峨眉之行，入川後因當地土酉奢崇明叛亂而“峨遊不暢”，“乃返”。
據《遊嵩山日記》，徐霞客于二月二十日進入登封縣境，二十四日離開少林寺，在嵩山遊歷五天；二十五日遊覽伊闕山的龍門石窟之後，取道去西岳華山。在嵩山，主要遊覽了岳廟、嵩陽宮、崇福宮、啓母石、少林寺、初祖洞等地。
據《遊太華山日記》，徐霞客于二月的最後一天進入潼關，到華山北麓的西岳廟；三月初三日下華山，過華陰縣；初四進入洛南縣境；初七至龍駒寨，取道丹江水路，初十日出陝西界。在太華山，徐霞客經玉泉院、莎羅宮、青柯坪，歷千尺幢、百尺峽、老君犁溝、蒼龍嶺等險道，遍遊華山五峰。《遊太華山日記》是按日記程的開始，即此前均為遊名山日記，此篇所記已不限于名山，而是逐日記述遊程。
據《遊太和山日記》，徐霞客于三月十一日進入湖廣境內，十二日南抵均州，十三日登今湖北丹江口武當山。沿途遊遇真宮、紫霞宮、南岩、太和宮、五龍宮以及滴水、仙侶、凌虛諸岩，並攀登絕頂天柱峰金頂。十五日下山，返北麓草店。此後取漢水、長江舟行，越二十四日，于四月初九返家。
第十次出遊。天啓四年（1624），徐母八十，徐霞客欲停止出遊，在家侍奉母親。徐母為了支持兒子繼續遠遊，特與兒子一起遊宜興荊溪、金壇句曲，朋友們都“笑謂勝具真有種也”（陳函輝《徐霞客墓志銘》），傳為佳話。徐母于天啓五年（1625）九月去世。
第十一次出遊。崇禎元年（1628）春，第三次入福建，到漳州訪族叔日升；又訪黃道周于漳浦墓廬。然後遊廣東羅浮山，“攜山中梅樹歸”（陳函輝《徐霞客墓志銘》）。有《閩遊日記前》。
《閩遊日記前》是徐霞客第三次遊福建的日記，主要行程為：二月二十八日離家，三月十二日登丹楓嶺入福建，至浦城遊金鬥山；取水路經建寧（今建甌縣）至延平（今南平市）登入，繞道順昌、將樂、永安，遊玉華洞；再從寧洋乘船過華封，然後水陸兼程，至漳州；四月初五至南靖。第十二次出遊。崇禎二年（1629），由運河北上京師，訪陳仁錫，遊盤山、崆峒山及永平碣石山等。
第十三次出遊。崇禎三年（1630），與叔祖念莪一起，七月十七日起程，三十日過江山青湖，舍舟登入。八月初二日入福建（第四次）浦城，十九日抵漳州。基本路線與第三次遊閩一致，隻是南平至永安段從沙溪船行。這次新遊覽的景點有浙江福建之間的浮蓋山，遊白花岩、龍洞，登浮蓋絕頂。在永安遊桃源澗，盛贊“一線天”之奇。過華封，沿流窮九龍江石灘最險處。有《閩遊日記後》。
第十四次出遊。崇禎五年（1632）春，與族兄仲昭一起，接連兩次遊天台山與雁宕山（今雁蕩山），有《遊天台山日記後》與《遊雁宕山日記後》。
《遊天台山日記後》為第二次和第三次遊天台山的日記。這年三月十四日從寧海西行，重遊天台。十五日登華頂賞月，歸寺已更餘；十六日五鼓又乘月上華頂觀日出。這次還補遊了上次未遊的大悲寺、高明寺、石筍及螺螄潭。二十日抵天台縣。遊覽了雁蕩山之後，又第三次遊天台山。四月十六日從天台縣城北上，遊中岩、桐柏宮，登瓊台觀仙人座；十七日經坪頭潭，遊寒岩、鵲橋、龍須洞、靈芝石等天台以
西勝景；十八日往北遊桃源、層瀑、秀溪，入萬年寺；然後由北經會墅、斑竹出境。這次距第一次遊天台已經二十年，徐霞客自己回憶說，二十年前，對天台勝景“未深窮其窟奧”，這次則“瞰于崖端，高深俱無遺勝矣”。
《遊雁宕山日記後》是第三次遊雁宕山的日記。《遊天台山日記後》說：“（三月）二十日抵天台縣。至四月十六日自雁宕返。”可見徐霞客曾于崇禎三月二十一日至四月十五日第二次遊雁宕山。《遊雁宕山日記後》是四月二十八日至五月初八日第三次遊雁宕山的遊記。這次，登天聰洞，上雁湖頂，見正德年間白雲、雲外兩僧廬，直至雁山絕頂見鹿群。
據《徐霞客墓志銘》，陳函輝曾問徐霞客是否到過雁山頂，徐霞客“聽而色動”，第二天一大早即來到陳函輝床前告別：“予且再往，歸當語卿。”過了十來天，徐霞客果然來見陳函輝，詳細談及雁山絕頂的情形。另，陳函輝《前紀遊》組詩《序》雲：“壬申初夏，（徐霞客）同其兄仲昭過予山齋，將再窮雁宕諸勝。”組詩之八中“註”雲：“霞客語予：‘宿雁山絕頂，上有麋鹿千群’。”崇禎五年即壬申年，可見陳函輝在《徐霞客墓志銘》和《前紀遊》中所說的正是這次雁宕山之遊。也就是說，徐霞客于三月二十一日至四月十五日遊過雁宕山，未到頂峰，也未曾寫遊記。當陳函輝問到他是否到過頂峰時，他無言以對，于是決定重遊，直奔頂峰而去，並寫下詳細遊記。
陳函輝《前紀遊序》還說，徐霞客“自雲：‘吾行且陟昆侖出西域矣’”，可見此時徐霞客已經有了明確的西行計畫。這年七月，徐霞客與黃道周一起泛舟太湖，以“孤雲獨往返”為韻，即席賦詩。霞客詩先成，深得黃道周贊賞。
第十五次出遊。崇禎六年（1633）夏，徐霞客北上京師，七月末西行遊山西五台山和恆山，然後又返回京師；再由長江直下漳州三訪黃道周，未遇。有《遊五台山日記》和《遊恆山日記》。
徐霞客于七月二十八日離開京城，途經保定，八月初四過阜平縣，初五進入山西境內，然後花了四天時間遍遊南西中北四台。初八離開五台山赴恆山，初九入渾源州境，初十遊龍山及懸空寺，十一日登恆山絕頂。
第十六次出遊。崇禎九年（1636），年屆五十的徐霞客感到自己老病將至，計畫已久的西遊計畫再也不能遷延，毅然踏上旅途，開始了他一生中最後一次也是最壯烈的一次“萬裏遐征”。這次旅行，基本上是按日記程，對旅途情形作了較詳細的記載。我們可以根據遊記概括其主要旅遊路線。
據《浙遊日記》，徐霞客于崇禎九年九月十九日乘醉放舟，同行者有靜聞和顧、王兩位僕人。為了與徐仲昭、王孝先、王忠紉、陳函輝、陳繼儒等親友晤別並為這次遠行做一些準備，取“東迂之道”，途經今屬江蘇省的無錫縣、蘇州府、昆山縣及今屬上海市的青浦縣、佘山，然後開始真正的“西行”。二十五日由嘉善縣入浙江省境內，經西塘、王江涇、烏鎮、連市、新市、塘棲等地到杭州府；然後西到餘杭，步行過臨安縣、新城縣（今富陽縣西境），再由水路東下，至桐廬縣；再往南轉溯富春江，經嚴州府（今建德縣）、蘭溪縣、金華府，再往西經龍遊縣、衢州府，十月十六日抵達與江西搭界的常山縣。同行的王二于十月初五逃走。
據《江右遊日記》，徐霞客于崇禎九年十月十七日進入江西玉山縣，往西經廣信府（今上饒市）及鉛山、弋陽、貴溪、金溪等縣，至建昌府（今南城縣），遊新城（今黎川縣）、南豐縣後，又從建昌府出發，往西經宜黃、樂安、永豐、吉水等縣到吉安府，再西經永新縣，于崇禎十年正月初十進入湖南境內。在江西境內，徐霞客沿途遊覽了叫岩、龜峰、龍虎山、上清街、麻姑山、仙岩、石蛩、青原寺、梅田洞等名勝，並登臨會仙峰、軍峰山、武功山頂峰，遍遊武功山附近香爐峰、石城洞、石門寺諸名勝。
據《楚遊日記》，崇禎十年正月初十，徐霞客由界頭嶺進入湖南境內，十一日經茶陵州、攸縣、衡山縣到衡州府（今衡陽市）；又經祁陽縣、永州府（今零陵縣）、道州（今道縣）、江華縣、藍山縣、臨武縣、宜章縣、郴州、永興縣、耒陽縣，在湘南遊歷一圈之後，回到衡州府，再西溯湘江，于閏四月初七日進入廣西。
據《粵西遊日記一》，崇禎十年閏四月初八日至六月十一日，徐霞客主要在廣西東北部遊覽。閏四月初八日從黃沙鋪向西南行，途經全州、興安縣，遊柳山和湘山寺，登金寶鼎，探湘江源，考察靈渠運河和嚴關，二十八日至桂林。在桂林山水之間徜徉近一個半月，遍遊桂林四周勝景如虞山、疊彩山、伏波山、七星岩、隱山、雉岩、南溪山、崖頭山、荷葉山、劉岩山、象鼻山、穿山、龍隱岩、屏風岩、中隱山、侯山、牛角岩、獅子岩等等，其中，七星岩和雉山分別上過兩次和三次。不僅如此，還往東北攀登桂林最高峰堯山，過靖江王墓群；往東南暢遊漓江水，考察陽朔附近的龍洞、來仙洞、讀書岩、白鶴山，登富教山。隻有獨秀峰處王城禁地，徐霞客多次要求攀登而未能如願，成為終身遺憾。六月初十日，徐霞客離開桂林，沿途遊琴潭岩、荔枝岩、牛洞、上岩等，十一又一路遊覽，來到永福縣境內的蘇橋，“遂與桂山別”。據《粵西遊日），崇禎十年六月十二日至九月二十一日，徐霞客主要在廣西北部及東南部遊覽。這段時間，經永福縣、洛容縣至柳州府又往北經柳城縣至融縣（今融水苗族自治縣）。然後返柳州，繼續南下，過象州及武宣縣，到潯州府（今桂平縣）再往東南方向的鬱林州、北流縣、容縣遊覽一圈，回到潯州府。再取水路經貴縣、橫州、永淳縣（今橫縣西境），月二十三日抵南寧府。此後一段時間皆在南寧府，但遊記散佚，僅存九月初九登羅秀山一則。在這一地區遊覽的主要名勝有：立魚山、柳侯廟、真仙岩以及勾漏、白石、都嶠三山。
據《粵西遊日記三》，崇禎十年九月二十二日至十二月初十，徐霞客主要遊覽廣西西南部。九月二十二日從南寧乘舟，取道左江經新寧舟（今扶綏縣）達太平府（今崇左縣），往西北經太平、安平、恩城、龍英（今龍茗）、下雷、鎮遠等州，又經都結州（今隆安縣西境）、隆安縣，沿右江西岸，于十二月初十日回到南寧。沿途遊覽的主要景點有犀牛洞、碧雲洞、白雲洞、觀音岩、龍井、壺關、飄岩、百感岩諸洞等等。
據《粵西遊日記四》，崇禎十年十二月十一日至十八日，徐霞客為了帶走朋友靜聞的骸骨，帶病在南寧府與惡僧交涉，十九日離開南寧，北出昆侖關，經南丹衛治三裏城（今上林縣境），抵慶遠府（今宜山縣），轉往西北，經河池州（今河池縣）、南丹州（今南丹縣），于崇禎十一年三月二十七日出廣西。在三裏城停留五十天，遍遊韋龜岩、獨山岩、小獨山、青獅岩、白崖堡岩洞、琴水岩、佛子嶺等名勝；在慶遠府停留二十三天，遍遊會仙山諸洞、龍隱岩、九龍洞、三門岩、觀岩，登多靈山。經河池州遊獅子洞、北山。
據《黔遊日記一》，徐霞客于崇禎十一年三月二十七日出廣西，進入貴州下司，往北經獨山州（今獨山縣）、都勻府（今都勻市）、麻哈州（今麻江縣）、平越衛（今福清縣）；轉西經新天衛（今貴定縣）、龍裏衛（今龍裏縣）、貴陽府（今貴陽市），然後繞道廣順州遊白雲山，過平壩衛（今平壩縣），再西經安順府（今安順市）、鎮寧州（今鎮寧布依族苗族自治縣）、關索嶺守御所（今關嶺布依族苗族自治縣），四月二十四日抵北盤江東側的永寧。沿途主要遊覽的名勝有：楊寶山、古佛洞、白雲山、雙明洞、白水河等，白水河瀑布即今黃果樹瀑布，為我國最大的瀑布。
據《黔遊日記二》，徐霞客于崇禎十一年四月二十五日過盤江橋，往西經安南衛（今晴隆縣）、新興所（今普安縣）和普安州（今盤縣特區），五月初九到達貴州最後一站亦字孔驛。沿途主要遊覽了北盤江上
的鐵索橋、晴隆威山的三明洞、普安的觀音洞、盤縣特區的碧雲洞和丹霞山，還考察了南北盤江的源流。
《滇遊日記一》為徐霞客由黔入滇之後最初八十七天的遊記，于清順治二年（1645）的變亂之中毀于火。這一段遊蹤，可從《徐霞客遊記》其他部分透露的信息作大致的概括：崇禎十一年五月初十日由滇南勝境關入雲南，過平夷衛（今富源縣）、交水（今曲靖市西平鎮），然後往南沿南盤江以船行為主，抵曲靖府、越州衛（今曲靖市越州）和陸涼州（今陸良縣），沿途沐石堡溫泉，遊覽陸涼西部的石門（今乃古石林）勝景，再經嵩明州（今嵩明縣）南部的楊林，抵雲南省城（今昆明市）。在昆明遊太華山，寫《遊太華山記》和《滇中花木記》；然後從滇池東岸往南，經呈貢、晉寧、江川等州縣，至通海縣有秀山，再南達臨安府（今建水縣），考察瀘江源。七月十五日在石屏；八月初一日遊顏洞，寫《遊顏洞記》。繼續往東到阿迷州（今開遠市），轉北經彌勒州達廣西府（今瀘西縣），途中寫《隨筆二則》。為了體例的整齊，現在一般將上述四篇文章作為《滇遊日記一》。
據《滇遊日記二》，崇禎十一年八月初七日，徐霞客在廣西府（今瀘西縣），考察南盤江；然後往東北經師宗州（今師宗縣）、羅平州（今羅平縣），到貴州的黃草壩（今貴州興義市）；八月二十九日復入雲南。
據《滇遊日記三》，崇禎九月初一日，徐霞客從雲南東界今富源縣的筆沖起程，途經亦左縣（今曲靖市西平鎮）、尋甸府（今尋甸縣）、嵩明州（今嵩明縣），二十九日達昆明東北郊的三家村。這次橫穿滇東，為了盡量不與原來走過的路重復，多取間道小徑或人跡罕至的山區，沿途洗沐了石堡溫泉，遊覽了東山寺、宗鏡寺、法界寺、翠峰山寺。還考察了車湖、嘉麗澤等高原湖泊及滇池主要水源——盤龍江源，寫成《盤江考》。
據《滇遊日記四》，崇禎十一年十月初一日，徐霞客第二次來到昆明，結交了唐大來、吳方生、阮仁吾、唐玄鶴、張調治、張石夫、周恭先、金公趾、馬雲客、阮玉灣、阮穆聲等一批滇中名士。在昆明，環遊滇池一周。從南郊南壩乘船，橫渡滇池，到安江上岸，繞經晉寧、昆陽、安寧等州，取道草海湖堤，從西郊夏家窯和土堆回城，沿途遊覽的主要景點有：白魚口、天女城、金沙寺、石將軍、牛戀石、龍王堂、石城、安寧溫泉、曹溪寺、進耳寺、棋盤山等；滇池之外還遊覽了西北郊的筇竹寺、海源寺上洞和中洞、妙高寺、沙朗天生橋、富民河上洞等。十一月十一日抵達武定府（今武定縣），此後缺十九天的日記。季夢良整理遊記時曾詢問當日隨徐霞客同行的僕人，得知徐霞客曾在武定留憩數日，遍閱武定諸名勝。後至元謀縣，登雷應山，見活佛，為作碑記，窮金沙江。然後出官庄，經大姚縣、姚安府、姚州而達雞足山。
據《滇遊日記五》，因同行的顧行病弱，徐霞客十二月初在元謀縣官庄茶房滯留數天，初六起程，往西經大舌甸、水井屯、倉屯橋等村到大姚縣；再往南經龍岡衛到姚安府；再往西南經彌興、普溯、雲南驛到洱海衛（今祥雲縣）；轉往北經賓阱的賓居、州城附近及牛井，二十二日到達雞足山。途中在大姚遊妙峰山德雲寺，作《宿妙峰山》，詩雲：“路織千山積翠連，窮邊欲盡到天邊”；在姚安遊覽活佛寺、清蓮庵；在祥雲遊覽水目山、清華洞、九鼎山；並登雞足山絕頂觀日出。除夕夜，住在萬山深處的僧房，憑窗看熠熠星光下朝山進香者徹夜熒然不絕的火光，徐霞客感嘆：“此一宵勝人間千百宵！”
據《滇遊日記六》，崇禎十二年正月，徐霞客遍遊雞足山上諸勝景，考察山形地貌，搜尋清泉、懸瀑、陡崖、奇樹、靜室，了解諸寺淵源，抄錄碑刻，尋訪遺跡。還記載了正月十五觀燈、人工噴泉、架橋渡水等活動以及僧侶們的日常生活情形。正月二十二日應木增的邀請離開雞足山赴麗江。途經中所屯、北衙、西邑、松檜、辛屯、馮密等地，從南往北，穿過鶴慶府，沿途遊覽腰龍洞、雞鳴寺等名勝；再往北經七和，過邱塘關，二十五日抵達麗江府，二十九日在解脫林受到木增的隆重迎接。
據《滇遊日記七》，崇禎十二年二月最初的十天，徐霞客受到木增的盛情款待，他為木增整理編校文稿，為其《山中逸趣集》寫跋，並輔導木增兒子的學習。二月十一日離開麗江南下，經鶴慶，遊青玄洞及鶴慶的龍潭群；再往西經汝南哨、山塍塘，十四日抵劍川州，遍遊金華山上的土主廟、天王石、玉皇閣、三清閣、玉虛亭、崖門諸勝；十八日抵浪穹縣（今洱源縣），遊茈碧湖、九台溫泉及佛光寨，直至月終。
據《滇遊日記八》，崇禎十二年三月初，徐霞客到浪穹縣南部的鳳羽壩子停留七日，登鳥吊山，遊清源洞，欣賞白族的種種風俗人情。初九離開浪穹，往南經鄧川州（今洱源縣南部）赴大理府，沿途遊覽欣賞普陀崆溫泉、鄧川西湖、油魚洞、蝴蝶泉、“十裏香”奇樹、古佛洞、清碧溪及大理石等等；三月二十日離開大理，過下關，往西經漾濞街、永平縣，途中攀登蒼山西坡的石門，登寶台山，考察瀾滄江鐵索橋及爐塘的紅銅礦；二十八日抵平坡，進入永昌府（今保山市）。
據《滇遊日記九》，崇禎十二年四月初十，徐霞客離開永昌府西行，途經怒江、高黎貢山、龍川江橋，十三日抵騰越州城；後來經順江、固棟、南香甸、界頭、瓦滇、曲石等遊騰越北境。騰沖是徐霞客一生遊歷最西的地方。
據《滇遊日記十》，崇禎十二年五月，徐霞客主要遊覽騰沖南境，途經綺羅、團山、楊廣哨、半個山等地，最南至馬鹿塘一帶，遊覽範圍達今德宏傣族景頗族自治州梁河縣境。十九日離開騰越州東返，六月份都在滇西重鎮永昌，遍遊附近勝景。在整個《徐霞客遊記》中，有關永昌的記載最多。據《滇遊日記十一》，崇禎十二年七月，徐霞客遊歷了一般人很難涉足的永昌西北境，經虎坡、大寨、松坡、蠻邊、北沖、清水關等處，遊覽了水簾洞瀑布，並登上高黎貢山東坡的石城。二十九日離開永昌南行。關于永昌，除了《徐霞客遊記》之外，還有《永昌志略》和《近滕諸彝說略》等專文。
據《滇遊日記十二》，崇禎十二年八月初一日，徐霞客從小獵彝起行，往東南經枯柯新街、右甸（今昌寧縣）、錫鉛、順寧府（今鳳慶縣）、鹿塘達雲州（今雲縣），再回順寧府，往北過瀾滄江和黑惠江進入蒙化府（今巍山彝族回族自治縣）；轉東過龍慶關到迷渡（今彌渡縣），再往東轉北，經過洱海衛（今祥雲縣）、蕎甸、賓川州，于二十二日回雞足山。
據《滇遊日記十三》，崇禎十二年八月二十三日至九月十四日，徐霞客在雞足山一邊治病，一邊蒐集資料，考察地形，並繼續遊覽水簾洞瀑布、山脊靈泉、崖半洞穴等地；九月十五日以後，受木增邀請，修撰《雞山志》。現存日記至九月十四日止，《雞山志》留存至今的隻有《雞山志目》和《雞山志略》一、二。另有《麗江紀略》、《法王緣起》和《溯江紀源》（又名《江源考》），當寫于此時或稍後。徐霞客在雞足山贈妙行詩兩首的原件現存雲南省博物館，是徐霞客流傳至今的唯一手跡。崇禎十三年正月，徐霞客已“兩足俱廢”、心力交瘁，木增派人護送他東歸。